《金函玉镜奇门遁甲》真正的作者究竟是谁，现在恐已无法考证。但在传说中，它与历史上三位韬略出众、用兵如神的大师都有渊源。据传，《奇门遁甲》最早是由汉初三杰之一的张良所著。张良能够忍受侮辱，终于得到了黄石公的真传，从而得到了《太公兵法》和《奇门遁甲》这两本书，他精心钻研，将奇门演化为18个活局，并运用这方面的知识，在刘邦建立汉朝的过程中“运筹于帷握之中，决胜于千里之外”。
三国时期，诸葛亮辅佐刘备，纵横驰骋于曹魏和孙吴之间，常能出奇兵获胜，从而“三分夭下有其一”。其神机妙算也多得益干《金函玉镜》这本书。他认为这是一本可以传世的奇书，在行军打仗的时候，一定要以这本书来做参考。
到了明代，被后人拿来与诸葛亮相比的刘伯温，是被朱元璋多次称为“吾之子房也”的明朝开国功臣，他集张良和诸葛亮之大成，又搜集了很多民间秘传版本，并且加以整理、删订、修改，最终修订成了《金函玉镜奇门遁甲》这本书。